Organizasyon yönetimi modülünde, kurumun tüm organizasyon çatısı oluşturulur, atama ve işten çıkış işlemleri yapılır. 
Oluşturulacak birçok senaryoyla organizasyon çatısı farklı açılardan düşünülebilir. Pozisyona bağlı şema oluşturulmaktadır. Bir pozisyonun organizasyon şemasında atanmış personeli olmayabilir.
Aşağıda tam ekran görüntüsü alınmış detaylı organizasyon şeması örneği bulunmaktadır.
Organizasyon şeması ile ilgili ayarlar Araçlar/Ayarlar/Sistem Ayarları içerisinde bulunmaktadır. Bu ayarların tanımları ise aşağıdaki gibidir.
Organizasyon yönetimi modülünde şema görünüm ayarları bu bölümden yapılmaktadır. Şemadaki kutucukların içinde, çalışanlarla ilgili başka bilgilerin de görünüp görünmeme ayarları yapılır.
Örneğin; Organizasyon şemasında, her çalışanın bulunduğu ana bölge mutlaka şemada görünmesi isteniyorsa, ilgili onay kutucuğu işaretlenmelidir.
Her çalışan ancak bir pozisyonda yer alabilir parametresi ile sistemdeki bir çalışan birden fazla pozisyonda yer alıyorsa çoklu pozisyon desteklenmektedir. Bu işlem için, bu parametre işaretlenmemelidir.
Organizasyon tanım hiyerarşisi kullanılsın parametresi ile organizasyonel hiyerarşiden bağımsız şema oluşturma desteklenmektedir. Organizasyonel birimler birbirine bağlı oluşturulmamış ise, örneğin alt bölge tanımı yaparken bağlı olduğu ana bölge tanımlanmadan bu tanım oluşturulmuşsa ve şemada bağımsız tanımlanan organizasyonel birimler kullanılacak ise bu parametre seçilmemelidir.
İşletme temelli olarak organizasyon şeması oluşturulsun parametresi ile çoklu işletme desteklenmektedir. Sistemde birden fazla işletme var ise ve her işletme için ayrı ayrı organizasyon şeması oluşturulacaksa bu parametre işaretli olmalıdır.
İkinci amir bilgisi girilebilsin parametresi ile çoklu amir desteklenmektedir. Bir çalışanın birden fazla amiri varsa bu parametre seçilmelidir. Bu parametre sonrasında atama işleminde "ikincil amir" sahası gelecektir.
Organizasyonel tanımlar için 'Çoklu Dil Desteği'ni kullan: Organizasyonel tanımlar içerisinde bulunan ana bölge-alt bölge-bölüm-departman-birim-pozisyon tanımlarının İngilizce karşılığı olan tanımlarının yapılabilmesi ve uygulama İngilizce dilinde kullanılırken bu tanımların otomatik olarak gelmesi sağlanmaktadır.
- Çoklu pozisyon desteği: Bir çalışan birden fazla pozisyonda çalışıyorsa bununla ilgili olarak öncesinde Araçlar/Ayarlar/Sistem Ayarları içerisinden "Her çalışan ancak bir pozisyonda yer alabilir." parametresini işaretlememesi gerekir.
- Çoklu işletme desteği: Sistemde birden fazla işletme var ise ve her işletme için ayrı ayrı organizasyon şeması oluşturulacaksa Araçlar/Ayarlar/Sistem Ayarları içerisinden "İşletme temelli olarak organizasyon şeması oluşturulsun." parametresi işaretli olmalıdır.
- Çoklu amir desteği: Bir çalışanın birden fazla amiri varsa bu işlem için Araçlar/Ayarlar/ Sistem Ayarları içerisinden " İkinci Amir Bilgisi Girilebilsin" parametresi seçilmelidir. Bu parametre sonrasında atama işleminde "ikinci amir" sahası gelecektir.
- Organizasyonel hiyerarşiden bağımsız şema oluşturma desteği: Organizasyonel birimler birbirine bağlı oluşturulmamış ise, örneğin alt bölge tanımı yaparken bağlı olduğu ana bölge tanımlanmadan bu tanım oluşturulmuşsa ve şemada bağımsız tanımlanan organizasyonel birimler kullanılacak ise Araçlar/Ayarlar/Sistem Ayarları içerisinden "Organizasyon tanım hiyerarşisi kullanılsın" parametresi seçilmemelidir.
Organizasyon Şeması B2E'den açıldığı durumda, şemadaki özlük fotoğrafları arasında 1MB'den büyük fotoğraf varsa fotoğrafsız açılması sağlandı.
Organizasyon Şeması IKWEB'den açıldığı durumda, şemadaki özlük fotoğrafları arasında 1MB'den büyük fotoğraf varsa - Özlük Fotoğraf Optimizasyonu ekranına yönlendirilerek, bilgi verildi.