e-Fatura uygulaması ile gönderilebilecek fatura türleri "Perakende Satış Faturası / Toptan Satış Faturası / Satınalma İade Faturası / Verilen Hizmet Faturası / Varlık Satış Faturası / Satış Fiyat Farkı Faturası / Satınalma Fiyat Farkı Faturası"dır. Bunun yanında e-Fatura uygulaması ile alınıp sisteme işlenecek fatura türleri "Satınalma Faturası / Alınan Hizmet Faturası / Toptan Satış İade Faturası / Varlık Satınalma Faturası" dır.
Faturanın e-Fatura olduğu fatura üzerinde yer alan e-Fatura seçeneği ile belirlenir. Cari hesap alanında seçilen cari hesabın e-Fatura kullanıcı olması durumunda faturada yer alan e-fatura seçeneği otomatik olarak seçili duruma geçer. e-Fatura kullanılmayacaksa işaret kaldırılır.
Satınalma / Satış Faturaları listeleri üzerinden e-Faturaların kaydı yapılabildiği gibi, e-Dönüşüm program bölümü altında yer alan Posta Kutusu üzerinden "e-Fatura Al / UY Al" işlemi ile faturaların sisteme kaydı yapılabilir. Ayrıntılı bilgi için bkz. Posta Kutusu / Giden e-Faturalar / Gelen e-Faturalar