e-Fatura uygulaması ile gönderilebilecek fatura türleri; Perakende Satış Faturası, Toptan Satış Faturası, Satınalma İade Faturası, Verilen Hizmet Faturası, Varlık Satış Faturası, Satış Fiyat Farkı Faturası, Satınalma Fiyat Farkı Faturasıdır. Bunun yanında e-Fatura uygulaması ile alınıp sisteme işlenecek fatura türleri Satınalma Faturası, Alınan Hizmet Faturası, Toptan Satış İade Faturası ve Varlık Satınalma Faturasıdır.
Faturanın e-Fatura olduğu fatura üzerinde yer alan e-Fatura seçeneği ile belirlenir. Cari hesap alanında seçilen cari hesabın e-Fatura kullanıcı olması durumunda faturada e-Dönüşüm Detayları sekmesinde yer alan e-Fatura seçeneği otomatik olarak seçili duruma geçer. e-Fatura kullanılmayacaksa işaret kaldırılır.
Satınalma/Satış Faturaları listeleri üzerinden e-Faturaların kaydı yapılabildiği gibi, e-Dönüşüm program bölümü altında yer alan Posta Kutusu üzerinden e-Fatura Al / UY Al işlemi ile faturaların sisteme kaydı yapılabilir. Ayrıntılı bilgi için bkz. Posta Kutusu / Giden e-Faturalar / Gelen e-Faturalar