Alınan e-Faturaların organizasyonel birimi, e-Fatura-Posta Kutusu-F9-sağ fare tuşu menüsünde bulunan “Organizasyonel Birim Değiştir” seçeneği ile değiştirilir.

Posta kutusu listesinde birden fazla kayıt seçilerek birim değişikliği yapılabilir ancak kayıtların tipi e-Fatura olmalıdır.

Organizasyonel Birim bağlı kurum bazında e-Fatura kullanıcısı ise  "Organizasyonel Birim Değiştir" işleminde, e-Fatura kullanıcısı olmayan alt birimler de listelenir. İstenirse Genel Birim ve İşyeri seviyesinden birim seçimi de yapılır. Ancak e-Fatura kullanıcısı olmayan alt birimlerin seçildiği faturanın kaydedilebilmesi için özel entegratör kullanıcı bilgilerinin tanımlanmış olması gerekir. 

Uygulama yanıtlarının organizasyonel birimi değiştirilemez.