Karşı hesap seç, karşı hesap bilgisi olmayan işlemler için Posta Kutusu üzerinden karşı hesap seçiminin yapılabileceği işlemdir. e-Dönüşüm-e-Bankacılık-Posta Kutusu listesinde, durumu Kaydedilecek veya Hata Alındı durumundaki kayıtların F9 menüsünde yer alır. Liste üzerinde çoklu seçim yapılarak da ilgili işlem uygulanabilir. Bu işlem ile ulaşılan pencerede Karşı Hesap Türü ve Karşı Hesap seçimleri yapılır.
Hesap Türü alanından Banka Hesabı, Muhasebe Hesabı ve Cari Hesap seçeneklerini içerir. Seçimi yapılan hesap türüne göre ilgili listeye ulaşılır.
Çoklu seçim yapılarak işlem başlatıldığında, farklı para birimine sahip ekstreler seçilebilir. Bu durumda karşı banka hesabı ile ekstrenin banka hesabının işlem para birimleri farklı olacağından e-Ekstre Kaydet işlemi sırasında hata alınır, ekstre kaydedilmez.
Karşı Hesap Seç işlemi hesap bilgisi olan kayıtlar için gerçekleşmiş olsa dahi ekstrenin kaydedilmesi esnasında yine MT940 dosyası ile gelen bilgiler esas alınır.