Sistem İşletmeni bölümü firmaların açıldığı, çalışma dönem tanımlarının yapıldığı, kullanıcı, rol, grup ve terminallerin tanımlandığı ve kullanıcı bazında program kullanım yetkilerinin belirlendiği bölümdür. Buna göre Sistem İşletmeni bölümünde kaydedilen tanımlar şunlardır:

• Firma.
• Dönem.
• Firmanın değişik merkezlerdeki işyeri, bölüm ve ambarlar.
• Terminallerde çalışan kullanıcılar ve bağlı oldukları gruplar.
• Programın değişik bölümlerinin kimler tarafından kullanılacağı belirlenir, yetkileri sınırlayarak gerek menü gerekse bilgilere ulaşımda güvenlik sağlanır.
• Yapılan işlemlerin kim tarafından ne zaman yapıldığı izlenir, performans değerlendirmesi yapılır.
• Doküman numaralama olanağı ile ticari sistemde yapılan işlemlerde kullanılan fişler için firmaya özel numaralama şablonları tanımlanır.
• Ticari işlemlerde kullanılacak adres, banka, taşıyıcı firma, vergi dairesi, gümrük bilgileri, sevkiyat yöntemleri ve ticari işlem gruplar tanımları kaydedilir.

Tüm bu işlemler Sistem İşletmeni menüsünde yer alan ilgili seçenekler kullanılarak gerçekleştirilir.