e-Fatura Uygulaması kullanımında 2 farklı senaryo seçeneği belirlenmiştir. Bunlar "Temel Fatura Senaryosu" ve "Ticari Fatura Senaryosu"dur. Kullanılan uygulamanın yeteneğine göre her iki senaryo da kullanılabilir. Senaryo tipi ayrımı ilk gönderilen fatura belgesinde belirlenebilmektedir.
Temel Fatura Senaryosu, e-Faturanın sadece gönderilmesi sürecini kapsamaktadır ve uygulamanın temel seviyede kullanımıdır.
Ticari Fatura Senaryosu ise, yapılacak mal ve hizmet satışları dolayısıyla fatura düzenlenmesi (yani temel fatura senaryosu), söz konusu faturaların kabul edilmesi veya reddedilmesi ile düzeltme işlemleri için uygulama yanıtı düzenlenmesi işlemlerini kapsar.