Yönetim Programı; çalışma alanlarının, kullanıcıların, grupların ve terminallerin tanımlandığı, Beyanname ayarlarının ve vergi tanımları ile vergi dairelerinin kaydedildiği bölümdür. Buna göre Yönetim program bölümünde; Terminaller, terminallerde çalışan kullanıcılar ve bağlı oldukları grup tanımları, Çalışma alanları, Müşavir tanım bilgileri, GO 3 ile birlikte çalışma durumunda kullanıcı eşleme işlemleri, Menü kullanım şekli, Vergi daireleri ve vergi tanımları kaydedilir.

Mali müşavir kapsamında GO 3 Ticari Sistem, Bordro programları için Yönetim ve Bakım program bölümlerine bağlantı ilgili menü seçenekleri ile sağlanır.

Tüm bu işlemler Yönetim program bölümünde Yönetim ve Tanımlar menüleri altında yer alan ilgili seçenekler kullanılarak kaydedilir. Yönetim menüsü altında yer alan seçenekler şunlardır: 

Çalışma Alanları: İşlemlerin kaydedileceği çalışma alanlarının tanımlandığı menü seçeneğidir. 

Terminaller: Mali Müşavir programının ya da sisteme bağlı uygulamaların çalıştırılabileceği bilgisayarların ya da veri dağıtıcı makinelerin ( Remote access server) her biri terminaldir. Bu terminaller, Terminaller menü seçeneği ile kaydedilir. 

Gruplar: Kullanıcıların bağlı olduğu grup tanımlarının yapıldığı ve grup yetkilerinin belirlendiği menü seçeneğidir. 

Kullanıcılar Terminallerde çalışan kullanıcıların tanımlandığı menü seçeneğidir. Kullanıcı tanımının yanında o kullanıcının bağlı olduğu grubun belirlenmesi, kullanıcı yetkileri gibi işlemler bu bölümden yapılır. 

GO 3 Mali Müşavir Kullanıcı Eşleme: Mali Müşavir 3'ün GO 3 ile bağlantılı çalışması durumunda kullanıcı eşleme işleminin yapıldığı menü seçeneğidir. GO 3 ile bağlantılı çalışılması durumunda Yönetim menüsünde yer alır. 

Bordro Kullanıcı Eşleme: Mali Müşavir 3'ün Bordro ile bağlantılı çalışması durumunda kullanıcı eşleme işleminin yapıldığı menü seçeneğidir. Bordro ile bağlantılı çalışılması durumunda Yönetim menüsünde yer alır. 

Seçenekler: Mali Müşavir 3 menü kullanım şekli ile işlemler sırasında yol gösterici mesajların alınması ve müşavir ücretinin serbest meslek makbuzuna öndeğer olarak yansıtılması gibi özellikler kullanıcı tarafından yapılacak seçimle belirlenir. Bu ayarlamalar MM Yönet program bölümünde Yönetim menüsü altında yer alan Seçenekler ile belirlenir. 

Beyanname Ayarları: Mali Müşavir 3 programı Beyanname programı ile bağlantılı çalışır. Beyanname Programının bulunduğu katalog bu menü seçeneği ile kaydedilir. 

Ticari Sistem Yönetimi: Mali Müşavir 3 programı GO 3 programı ile bağlantılı çalışır. Ticari Sistem Yönetimi programına ulaşmak için kullanılan menü seçeneğidir. GO 3 ile bağlantılı çalışılması durumunda Yönetim menüsünde yer alır. 

Bordro Yönetimi: Bordro Yönetimi programına ulaşmak için kullanılan menü seçeneğidir. 

Bordro Bakımı: Bordro Bakımı programına ulaşmak için kullanılan menü seçeneğidir.

Yönetim programı tanımlar menüsü altında Vergi Tanımları ve Vergi Daireleri seçenekleri yer alır. 

Vergi Tanımları: Vergiler ve özelliklerinin kaydedildiği menü seçeneğidir. 

Vergi Daireleri: Vergi dairelerinin kaydedildiği menü seçeneğidir.