Sistem İşletmeni Yönetim menüsü şu seçeneklerden oluşmaktadır:
Terminaller: Ticari otomasyon sistemini ya da sisteme bağlı uygulamaların çalıştırılabileceği bilgisayarların ya da veri dağıtıcı (Gateway, Remote access server) makinelerin her biri terminaldir. Bu tanımlar, Terminaller menü seçeneği ile kaydedilir.)
Rol Tanımları: Kullanıcı rol tanımlarının yapıldığı menü seçeneğidir. Logo Object Designer ile yapılan tasarımın hangi rol ile çalışacağı buradan belirlenir. Uyarlama bağlı olduğu rol ile çalışır.
Gruplar: Kullanıcıların ait olduğu grupların tanımlandığı ve grup yetkilerinin belirlendiği menü seçeneğidir. Kullanıcıları yetkilerine göre gruplama amaçlı kullanılır. Logo grubu yetkileri kısıtlanamaz.
Kullanıcılar: Terminallerde çalışan kullanıcıların tanımlandığı menü seçeneğidir. Kullanıcı tanımının yanında o kullanıcının bağlı olduğu grubun belirlenmesi ve kullanıcı yetkilendirme işlemleri bu bölümden yapılır.
Firmalar: Firmaların, firmaya ait işyeri, bölüm, ambar ve çalışma dönemi tanımlarının yapıldığı menü seçeneğidir. Programda 999 adet firma tanımlanabilir.
Firma Tanımlama Sihirbazı: Kurulum sihirbazı ile firma, dönem, ambar, kullanıcı ve terminaller kullanıcı tarafından seçilecek kurulum aşaması dikkate alınarak oluşturulur. Firma, dönem ve ambar tanımlama işlemleri sıra ile açılacak ekranlarda ilgili seçim ve bilgi girişleri yapılarak adım adım kaydedilir.
Veri Merkezleri: Veri merkezi tanımlarının kaydedildiği seçenektir. Veri merkezi numarası, şubeler arası veri aktarımında kullanılan numaradır.
Organizasyon Tanımları: Firmanın organizasyon yapısını oluşturan pozisyon tanımlarının kaydedildiği menü seçeneğidir.
Doküman Yönetim Sistemi Bağlantıları: Programda tablolara doküman bağlamak, dosya eklemek için ana kataloğun belirtildiği seçenektir.
Web Hizmeti Bağlantıları: Web servis bağlantısı tanımlamak için kullanılır. Kullanıcı tanımı yapıldığında "Detaylar" bölümünde yer alan Web Servisi alanından ilgili tanım seçilir, böylece kullanıcının mylogo.com.tr adresinden günlük kur bilgilerinin otomatik olarak alabilmesi sağlanır.
Diğer Tanımlar: İzleme dosyalarının oluşturulduğu ve izleme dosyalarına ait işlemlerin yapıldığı menü seçeneğidir.
Kayıt Numaralama: Ticari sistemde yapılan işlemlere ait fişlerin numaralandırılmasında kullanılacak, firmaya özel numaralandırma şablonlarının tanımlandığı seçenektir. "Standart Kayıt Numaralarını Oluştur" seçeneği ile fiş, fatura ve diğer kayıtlar için numaralama otomatik olarak oluşturulur.
Genel Tablo Yönetimi: Tablo dosyalarının oluşturulduğu menü seçeneğidir. Versiyon değişimlerinde güncelleme yapılmalıdır.