Birinci ve ikinci sınıf tüccarlar ile defter tutmak zorunda olan çiftçilerin, götürü usule tabi veya vergiden muaf çiftçiden satın aldıkları malların bedelini ödedikleri sırada düzenlenen makbuzlar müstahsil makbuzlarıdır.

Müstahsil makbuzu satınalma faturası gibi çalışır. SSDF ve stopaj vergilerini üretici öder. Aracılı alımlarda geçerli olan komisyon ve borsa gibi fon değerleri de üretici tarafından ödenir. Müstahsil makbuzunu kullanan kişiler, stopaj oranında kestikleri vergiyi muhtasar beyanname ile ilgili vergi dairesine yatırırlar.

Müstahsil işlemleri müstahsil irsaliyesi ve müstahsil makbuzu seçenekleri ile kaydedilir. Müstahsil irsaliyesi ve/veya makbuzu aynı satınalma irsaliyesi ve/veya faturası gibi çalışır. Bu makbuzu üreticiden doğrudan ya da aracı ile mal alan firmalar kullanır. Makbuz alıcı firma tarafından üreticiye kesilir. Komisyon bedelleri ve fonlar üretici tarafından ödenir. Malın giriş değeri, fonlar ve komisyonlar düşülmeden önceki değerdir.

Müstahsil makbuzu girişleri Satınalma program bölümünde Müstahsil Makbuzu fatura türü seçilerek kaydedilir. Sipariş işlemleri ise s sipariş fişleri ile kaydedilir. Sipariş fişleri Sipariş Aktarımı seçeneği ile müstahsil irsaliyesine, müstahsil irsaliyeleri ise İrsaliye aktarımı seçeneği ile müstahsil makbuzuna aktarılır.

Müstahsil makbuzunun üst bölümündeki alanlardan işleme ait genel bilgiler, satırlarda ise satın alınan malzemelere ait bilgiler kaydedilir.

Müstahsil makbuzu alt bölümünde satırda girilen tutarlar ve Müstahsil Parametrelerinde belirtilen yüzdeler üzerinden hesaplanan kesinti tutarları ile bu kesintilerden sonra kalan net tutar yer alır.

Stopaj ve Bağkur kesintilerini tutar olarak girmek için ilgili alanlarda sağ tuş menüsündeki Tutar Girişi seçeneği kullanılır. 

Müstahsil makbuzunda borsa payı net tutar üzerinden hesaplanır.

Müstahsil makbuzları e-Müstahsil Uygulaması olarak kullanılmak üzere, Gelir İdaresi Başkanlığı tarafından belirlenen standartlara uygun olarak Logo ürünleri ile elektronik ortamda oluşturulur, hem kağıt hem de elektronik ortamda muhafaza edilir ve elektronik ortamda raporlanması sağlanır.