Fatura maliyeti çıkış faturalarında yer alan bir özelliktir. Fatura içinde seçilecek maliyet yöntemine göre o fatura ve faturada yer alan her satırın maliyeti ve faturada elde edilen kar oranı izlenir. Fatura maliyeti toptan ve perakende satış faturaları ve irsaliyeleri, konsinye çıkış irsaliyeleri, kullanıcı tanımlı çıkış fişlerinde kullanılır. Bu çıkış işlemlerinin kasadan yapılması durumunda kasadan kesilen toptan ve perakende satış faturalarında da fatura maliyeti kullanılır.
Faturayı oluşturan satırların maliyet toplamı fatura maliyetini oluşturmaktadır. Maliyet ve tutar arasındaki fark ise kar marjını verir. Fatura maliyetini almak için F9-İşlemler (sağ fare tuşu) menüsündeki Maliyetler seçilir. Ekrana gelen maliyet penceresi tablo şeklindedir. Satırlarda, fatura içinde hareket gören malzemeler, kolonlarda ise bu malzemelere ait maliyet bilgileri yer alır. Her satıra ait işlemler; malzeme kodu ve açıklaması, satır tutarı, maliyeti, kar tutarı ve kar yüzdesi bilgileri ile listelenir. Toplam satırında ise fatura geneline ait maliyet bilgileri yer alır.
Fatura maliyetinin hangi maliyet yöntemine göre alınacağı Maliyet türü alanında belirlenir. Fatura maliyeti; eldekilerin ortalaması ve FIFO yöntemlerine göre alınır.