Sistem İşletmeni, firmaların açıldığı, çalışma dönem tanımlarının yapıldığı, kullanıcı, rol, grup ve terminallerin tanımlandığı ve kullanıcı bazında program kullanım yetkilerinin belirlendiği bölümdür. Buna göre Sistem İşletmeni bölümünde yapılabilen işlemler şunlardır:

• Firma tanımları kaydedilir.
• Dönem tanımları kaydedilir.
• Firmanın değişik merkezlerdeki işyeri, bölüm ve ambar tanımları kaydedilir.
• Terminallerde çalışan kullanıcılar ve bağlı oldukları grup tanımları kaydedilir.
• Programın değişik bölümlerinin kimler tarafından kullanılacağı belirlenir, yetkileri sınırlayarak gerek menü gerekse bilgilere ulaşımda güvenlik sağlanır,
• Yapılan işlemlerin kim tarafından ne zaman yapıldığı izlenir, performans değerlendirmesi yapılır.
• Doküman numaralama olanağı ile ticari sistemde yapılan işlemlerde kullanılan fişler için firmaya özel  numaralama şablonları tanımlanır.
• Ticari işlemlerde kullanılacak adres, banka, taşıyıcı firma, vergi dairesi, gümrük bilgileri, sevkiyat yöntemleri ve ticari işlem gruplar tanımları kaydedilir.